Maria Stuart, Königin von Schottland, wird 1568 aus ihrem Land verjagt, da sie ihren eigenen Ehemann ermordet haben soll. Sie flieht nach England, wo sie sich Schutz von Königin Elisabeht I. erhofft. Allerdings könnte Maria selbst Anspruch auf die englische Krone erheben und um das zu verhindern lässt Elisabeth Maria gefangen nehmen. Während ihrer langen Gefangenschaft, leistet ihre Amme Kennedy Maria Gesellschaft.
Das Stück beginnt 19 Jahre nach Marias Verhaftung in einem Zimmer des Schlosses zu Fotheringhay, mit einem Streit zwischen der Amme Kennedy und Marias Wächter Paulet, der gerade dabei ist Marias Schränke nach Schmuck, mit dem sie die Wärter bestechen könnte, und Schriften, mit denen sie in Kontakt mit mögichen Befreiern treten könnte, ausfindig zu machen. Nachdem Kennedy das gesehen hat entwickelt sich ein Streitgespräch zwischen ihr und Paulet. Dabei werden Marias wichtigste Charakterzüge von den beiden dargestellt. Allerdings vertreten beide unterschiedliche Standpunkte, so ist Kennedy fest von Marias Unschuld überzeugt und beklagt die Ungerechtigkeit, die Maria in England wiederfährt. Paulet hingegen sieht Maria als die Schuldige an und bezeichnet sie als "Mörderin" und "Englands Feind". Doch die beiden müssen ihren Streit unterbrechen, als Maria höchstpersönlich auftaucht. Maria ist es gelungen trotz ihrer langen Gefangenschaft ihre königliche Würde und ihren Stolz zu bewahren, weshalb sie gänzlich unbeeindruckt reagiert, als ihre Amme ihr offenbart, dass Paulet den ganzen königlichen Schmuck beschlagnahmt hat. Sie weiß offensichtich, dass die Richter nun endlich über ihr Schicksal entschieden haben und möchte nun von Paulet wissen, wie das Urteil ausgefallen ist. Der wiederrum weigert sich, es ihr zu sagen, da er sie vor der schrecklichen Nachricht schützen möchte. Er steht zu diesem Zeitpunkt in einem Konflikt mit sich selbst, da er Königin Elisabeth verpflichtet ist, aber mit Maria sympatisiert. Daraufhin taucht Paulets Neffe Mortimer auf. Er würdigt Maria keines Blickes, was sehr ungewöhnlich ist, da Maria eine sehr schöne Frau ist und ihre Reize einsetzt, um andere zu beeinflussen, doch auf Mortimer scheint all das keinen Einfluss zu haben.
Nachdem Maria wieder mit Kennedy alleine ist, offenbart sie der Amme, dass sie an der Ermordung ihres Ehemanns Darnley beteiligt gewesen war. Doch Kennedy möchte davon nichts wissen und entschuldigt Marias Tat mit der Begründung ihr Mann wäre nur durch ihre Heirat König geworden und hätte sie auch dementsprechend behandeln müssen. Außerdem war Maria zu dem Zeitpunkt der Tat noch jung und nicht sie selbst gewesen wäre. Das Gespräch der beiden wird durch das Auftreten Mortimers beendet. Er gibt Maria eine Karte, woraufhin diese geschockt reagiert, und schickt Kennedy hinaus. Draufhin offenbart er Maria, dass er sich auf seiner Reise durch Frankreich zum katholischen Glauben (den auch Maria vertritt) bekehrt hat und dass er fest davon überzeugt ist, dass sie die rechtmäßige Königin von England ist. Außerdem verkündet er Maria, dass sie zum Tode verurteilt wurde, Elisabeth die Vollstreckung des Urteils allerdings noch herauszögert. Maria wiederrum lässt sich von dieser Mitteilung nur wenig beeindrucken, da sie sich der Unterstützung Frankreichs sicher ist. Doch Mortimer macht auch diese Hoffnung zunichte indem er ihr verkündet, dass Elisabeth den Duc von Anjou heiraten wird, um Frankreichs Rache zu entgehen. Allerdings besteht trotzdem noch Hoffnung für Maria, da Mortimer einen Plan hat, wie er Maria befreien und vor der Hinrichtung retten kann. Maria übergibt ihm daraufhin einen Brief für Graf Leicester, da sie von Mortimers Vorhaben nicht überzeugt ist und der Graf ihrer Meinung nach der einzige Mensch ist, der sie jetzt noch retten kann.
Bald darauf erscheint Lord Burleigh, um Maria das Urteil zu verkünden, aber Maria lässt ihn nicht zu Ende sprechen und stellt die englische Rechtsprechung in Frage. Außerdem bemängelt sie, dass nur protestantische Richter über ihr Schicksal (das Schicksal einer Katholikin) abgestimmt haben und das Gesetz, nach dem sie verurteilt wurde extra für sie entworfen wurde. Außerdem weist sie den Vorwurf des Hochverrats zurück und verlangt Beweise. Daraufhin offenbart ihr Lord Burleigh, dass ihre eigenen Schreiber gegen sie ausgesagt haben. Maria wird nun klar, dass Elisabeth ihren Tod will, um ihre eigene Macht zu sichern. Nachdem Lord Burleigh Maria ihr Schicksal verkündet hat, versucht er Paulet zum Mord an Maria anzustiften, damit Elisabeth ihr Gesicht als gnädige Königin auch weiterhin bewahren kann. Paulet hingegen lehnt entrüstet ab.
Während Maria im Schloss zu Fotheringhay auf die Vollstreckung ihres Urteils wartet, berät Königin Elisabeth im Palast zu Westminster mit Lord Burleigh, Lord Leicester und Lord Talbot immer noch über Marias Hinrichtung. Während Lord Burleigh versucht Elisabeth dazu zu bringen einer Hinrichtung zuzustimmen, raten Talbot und Leicester dazu Maria zu begnadigen. Doch bevor Maria eine Entscheidung treffen kann erscheinen Mortimer und Paulet, der Elisabeth einen Brief von Maria überbringt. In diesem Brief bittet Maria die Königin um eine Audienz und Elisabeth ist nicht abgeneigt sie ihr zu gewähren, allerdings erinnert Burleigh sie daran, dass Maria nicht mehr hingerichtet werden kann wenn sie zuvor die Königin gesehen hat. Daraufhin bittet Elisabeth ihre Berater und Paulet sie mit Mortimer allein zu lassen. In diesem Gespräch deutet sie an, dass sie sich Marias Tod wünscht und dass sie jemanden benötigt, der zuverlässig und diskret genug ist, um solch einen Auftrag auszuführen. Mortimer, der den Wink verstanden hat stimmt sofort zu und erklärt sich dazu bereit, Maria zu töten. Erst nachdem er die Königin verlassen hat und alleine ist, werden seine wahren Absichten in einem Monolog deutlich: Er liebt und verehrt Maria und möchte sie um jeden Preis retten. Elisabeths Auftrag hat er nur angenommen um Maria zu schützen und noch etwas Zeit zu gewinnen. Kurz darauf wird er von Paulet auf das Gespräch zwischen ihm und Elisabeth angesprochen, da Paulet ahnt, um was die Königin seinen Neffen gebeten hat. Mortimer hingegen tut, als wüsste er von nichts.
Daraufhin überbringt Mortimer Marias Brief an Lord Leicester. Dabei wird klar, dass die beiden die gleichen Absichten haben und Maria retten wollen, allerdings ist Leicester nicht bereit seine Identität als Berater der Königin durch einen Rettungsversuch in Gefahr zu bringen. Stattdessen will er versuchen Elisabeth dazu zu bringen einem Treffen mit Maria zuzustimmen, was ihm nach einigem Überreden auch glingt.
Maria wurde gestattet in Begleitung Kennedys und Paulets das Gefängnis zu verlassen und in einem Park spazieren zu gehen, doch Marias Freude darüber ist nur von kurzer Dauer: Als Paulet ihr offenbart, dass sie das Gefängnis nur verlassen durfte, damit man eine "zufälliges" Treffen zwischen ihr und Elisabeth arrangieren konnte, ist sie geschockt und droht ohnmächtig zu werden, da sie sich für dieses Treffen nicht vorbereiten konnte.
Als Elisabeth und Maria aufeinander treffen, vergisst Maria ihren Hass und zeigt sich zunächst unterwürfig, doch nachdem Elisabeth ihr gegenüber weiterhin arrogant und abweisend bleibt lässt sie die Maske der gebrochenen Gefangenen fallen und wird wieder zur stolzen Königin, die für ihr Recht und ihren Anspruch auf die Krone kämpft. Dadurch gelingt es ihr in dem Streitgespräch die Oberhand zu gewinnen. Das Gespräch erreicht seinen Höhepunkt, als Maria und Elisabeth sich gegenseitig beleidigen, doch kommt ihr Streit zu einem jähen Ende als Maria Elisabeth vorwirft, den englischen Thron zu entweihen. Daraufhin stürmt Elisabeth wütend davon.
Nachdem Elisabeth mit ihrem Gefolge verschwunden ist kommt Mortimer zu Maria und gesteht ihr seine Liebe. Außerdem offenbart er ihr seinen Rettungsplan, doch Maria ist alles andere als begeistert und möchte von dem Plan nichts wissen, da er die Ermordung Paulets vorsieht. Daraufhin kehrt sie wieder ins Gefängnis zurück. Kurz darauf erfährt er, dass Elisabeth auf offener Straße ermordet wurde, doch seine Freude darüber hält nicht lange an, denn Okelly, einer seiner Verbündeten, überbringt ihm die Nachricht, dass Elisabeth den Angriff einer ihrer Mitverschwörer überlebt hat. Daraufhin versucht Okelly Mortimer zu einer Flucht zu überreden, doch dieser beschließt zu bleiben und Maria zu befreien.
Im Palast der Königin bricht zwischen Burleigh und Leicester ein Streit aus, da Burleigh Leicester verdächtigt ein Verbündeter Marias zu sein. Leicester weißt jedoch alle Vorwürfe zurück und will sich vor der Königin verteidigen. Als er wieder alleine ist, trifft er erneut auf Mortimer, der ihm berichtet, dass Burleigh einen Brief von Maria an ihn gefunden hat. Leicester sieht seine einzige Chance sein Gesicht zu wahren darin, Mortimer an die Wachen auszuliefern, doch nachdem diese ihn verhaftet haben, begeht Mortimer Selbstmord. Als Leicester danach vor Elisabeth tritt, hat diese bereits von Burleigh von Marias Brief an ihn erfahren. In ihrer Wut und Entrüstung will sie Leicester in den Tower werfen lassen. Dieser kann sich jedoch mit der Lüge herrausreden, dass er nur Kontakt mit Maria hergestellt hat, um Verräter wie Mortimer zu entlarven. Elisabeth ist daraufhin hin- und hergerissen und weiß nicht was sie glauben soll. Sie gibt Leicester jedoch noch eine Chance seine Treue zu beweisen und beauftragt ihn mit der Ausführung der Hinrichtung Marias.
Doch Elisabeth ist weiterhin unschlüssig, was das Todesurteil betrifft. Sie versinkt im Selbstmittleid und sieht sich als Sklave des Volkes, da das Volk Marias Hinrichtung verlangt. Aber es dauert nicht lange, bis Elisabeths Selbstmittleid in Hass auf Maria umschlägt: Für Elisabeth ist Maria die Quelle ihres ganzen Leidens und ihrer Schwierigkeiten. Daraufhin unterschreibt Elisabeth voller Wut und Hass das Todesurteil und übergibt es dem Staatssekretär Davison zur Aufbewahrung. Doch als Burleigh erfährt, dass Davison das unterzeichnete Todesurteil hat, verlangt er es zu sehen und als Davison es ihm nicht aushändigen will, entreißt er es ihm.
Am Tag der Hinrichtung besucht Melvil, Marias Haushofmeister, Maria, um von ihr Abschied zu nehmen. Außer ihm sind noch viele andere ehemalige Bedienstete Marias anwesend, um sich von ihr zu verabschieden. Maria weiß diese Treue zu schätzen und übergibt jedem ein Geschenk. Danach bittet sie Melvil, der kürzlich die Priesterweihe empfangen hat, ihr die Beichte abzunehmen. Dabei beichtet sie drei Sünden: Den Hass auf Elisabeth, ihr Verhältnis mit Leicester und den Mord an ihrem Mann. Jedoch streitet sie auch weiterhin ab, an einer Verschwörung gegen Elisabeth beteiligt gewesen zu sein.
Kurz vor ihrer Hinrichtung trifft Maria noch einmal auf Leicester. In einem kurzem Gespräch wirft sie ihm vor, sie und seine Gefühle für sie veraten zu haben. Danach wird sie weggeführt und Leicester bleibt alleine zurück. In einem Monolog bereut er seinen Verrat an Maria und bekennt sich schuldig. Kurz darauf fällt er ihn Ohnmacht, da er hört, wie Maria hingerichtet wird.
Das Drama endet damit, dass Elisabeth gespannt auf eine Nachricht von Burleigh oder Leicester wartet, stattdessen aber von Talbot die Nachricht erhält, dass einer von Marias Schreibern falsch ausgesagt hat. Daraufhin bestraft sie Davison, da er das Todesurteil Burleigh gegeben hat. Burleigh wird für die Vollstreckung des Urteils verbannt, Leicester ist auf dem Weg nach Frankreich und der Graf von Shrewsbury, ihr letzter Berater, gibt bekannt, dass er sie verlässt.
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