Jones, in welchem dieser ein Tagebuch gelegt hat mit seinen Entdeckungen bezüglich des legendären Heiligen Grals. Tatsächlich bekommt Indy den Auftrag diesen zu finden. Zusammen mit seinem Freund Marcus Brody macht sich Indy auf den Weg zum Haus seines Vaters, welches jedoch nicht nur verlassen ist, sondern auch verwüstet wurde. Man begibt sich schließlich nach Venedig, wo Henry gearbeitet haben soll und von wo aus er auch das Paket an seinen Sohn geschickt hat. Doch auch hier findet man keine Spur von Henry Jones. Allerdings treffen Indy und Marcus Brody auf Elsa Schneider, die zusammen mit Henry gearbeitet hat. Die Drei finden zwar auf ihrer Suche nicht nach Henry, dafür aber verschiedene Hinweise. So stoßen sie schließlich auf einen unterirdischen Gebäudekomplex, in welchem sich weitere Hinweise zum Ort des Heiligen Grales finden. So soll sich dieser irgendwo in der heutigen Türkei, genauer gesagt in İskenderun, befinden. Auch findet Indy heraus, das sein Vater von den Nazis in ein Schloss in Österreich verschleppt wurde, damit dieser ihnen sagt, wo sich der Gral befindet.
Brody begibt sich bereits schon einmal in die Türkei um erste Vorkehrungen für die Expedition nach dem Gral zu machen, während Indy sich nach österreich begibt um seinen Vater zu retten. Tatsächlich findet er diesen auch und schafft es ihn zu befreien. Allerdings stellt sich auch heraus, das Elsa, sowie Indy Auftraggeber, ein Mann namens Donovan, unter einer Decke stecken und gemeinsam für die Nazis nach dem Gral suchen. Trotz ziemlich heftigen Widerstandes gelingt es Vater und Sohn sich zu befreien und in die Türkei zu fliehen. Zuvor mussten die beiden jedoch noch nach Berlin um Elsa das Tagebuch von Henry wieder wegzunehmen, welches die Frau zuvor hat mitgehen lassen. In der Türkei angekommen, finden Henry und Indiana heraus, das Brody bereits von den Deutschen gefangen genommen wurde und man sich mittlerweile schon auf den Weg zur Ausgrabungsstätte des Grales befindet. Indy, sein Vater und Sallah, ein alter Freund von Indiana, folgen den Nazis. Man kommt schließlich zur gleichen Zeit an dem Gralstempel an. Da der Tempel mit allerhand Fallen versehen ist, zwingen die Deutschen Indy und seinen Vater vor zu gehen und die Fallen zu enttarnen, Notfalls auch mit ihrem Leben. Allerdings gelingt es der Truppe tatsächlich alle Fallen zu überwinden und alle Rätsel zu lösen, sodass sie sich schon bald einem mehrere Hundert Jahre alten Mann gegenüber sehen, welcher der Wächter des Grals ist. Allerdings muss der Suchende um sich des Grals wirklich würdig zu erweisen, aus mehreren Kelchen wählen. Nur einer der zur Auswahl stehenden Behälter ist nämlich der echte Gral. Tatsächlich erweist sich der Gral, den Elsa ausgesucht hat, als der falsche, jedoch trinkt nicht sie zur Überprüfung aus ihm, sondern Donovan, woraufhin dieser stirbt. Indy wählt schließlich den richtigen Kelch. Als man sich aus dem Tempel zurück ziehen will, beginnt dieser jedoch auseinander zu fallen. Bei der Flucht stürzt Elsa samt den Gral. Indy will ihr Leben retten, doch Elsa, besessen vom Gral, will um nichts in der Welt den Gral zurück lassen und muss schließlich bei diesem Vorhaben ihr Leben lassen. Indy und den anderen gelingt schließlich die Flucht.
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