Marty ist ein Zebra und lebt im Zoo des Central Parks. Er genießt dort ein angenehmes Leben. Dennoch erwartet er sich mehr. Sein bester Freund Alex, ein Löwe, ist der unumstrittene Star des Zoos und kann Marty nicht verstehen. Als Marty von den vier Pinguinen Skipper, Kowalski, Private und Rico erfährt, dass diese sich in die Wildnis aufmachen, berichtet er seinen Freunden, dass er ebenfalls in die Natur will. Gloria, die Nilpferddame, Alex und die hypochondrische Giraffe Melman sind davon gar nicht angetan. Mitten in der Nacht bricht Marty aus, um nach Connecticut zu gehen, wo es angeblich endlose Weiten gibt. Die anderen drei folgen ihm besorgt und treffen in der Grand Central Station zusammen. Das Militär konfrontiert die „gefährlichen" Tiere und betäubt sie. Umweltschützer setzen sich dafür ein, dass die vier mit einem Schiff nach Afrika in die Wildnis gebracht werden. Alex und Melman sind geschockt, während Marty sich freut. Es kommt zum Streit und die Transportkisten gehen über Board. Alle vier werden an einen fremden Strand gespült. Sie sind überzeugt, in einem anderen Zoo gelandet zu sein und machen sich auf die Suche nach den Menschen. Stattdessen treffen sie eine Gruppe fröhlicher Lemuren, die unter der Führung von King Julien nonstop Partys feiern, bis ein Raubtiere (die „Fossas") sie angreifen. Als die Fossas Alex erblicken, flüchten sie vor Angst vor dem großen aber harmlosen Löwen. Die Vier erfahren, dass sie nun in der Wildnis von Madagaskar sind. Marty ist glücklich und bald schon schließen sich Gloria und Melman seinem Lager an, während Alex stur auf Hilfe hofft. Schließlich gibt er aber nach. Julien fasst den Plan, Alex zu ihrem Freund zu machen, damit die Fossas fern bleiben. Sie zeigen den Vier die schöne Seite von Madagaskar. Alex blüht richtig auf, genau wie seine Raubtierinstinkte. Als er Marty beisst, wird allen klar, dass Alex in der Wildnis nicht ihr Freund sein kann. Entsetzt über seine Tat zieht sich Alex zurück. Das Schiff kehrt unter Führung der Pinguine an den Strand zurück. Marty macht sich ins Fossa-Gebiet auf, um Alex zu holen. Er wird angegriffen, doch Alex verscheucht die Fossas, indem er den bösen Löwen markiert. Er gewöhnt sich außerdem an Fisch, sodass er seine Freunde nicht mehr fressen will. Die Vier verabschieden sich von den Lemuren und besteigen das Schiff. Bevor sie nach New York zurückkehren, wollen sie sich noch etwas die Welt anschauen. Die Pinguine genießen derweil die Sonne und Private bemerkt: „Vielleicht sollten wir ihnen sagen, dass das Schiff gar keinen Spirt mehr hat."
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