Einige Jahre zuvor: die Umbrella Corporation gehört zu den mächtigsten Firmen, doch ist sie nicht das gute Unternehmen, für das sie sich lange ausgegeben hat. Tatsächlich hat das Unternehmen nicht weniger als die Weltherrschaft im Blick gehabt. Erreichen wollten sie dies mit modernster Waffentechnologie. Angefangen hat schließlich alles, in dem man in einem unterirdischen Labor unter der Millionen Stadt Racoon City den T-Virus hat ausbreiten lassen. Das Ergebnis war verheerend, denn nicht nur starben die Menschen, als sie sich infiziert haben, sondern verwandelten sich hinter her in Zombies oder gar schlimmer, mutierten sie in schreckliche ungeheuer. Alice ist die einzige, die das ganze damals überlebt hat. Seit dem ist die Welt nicht mehr die gleiche und liegt beinahe komplett in Schutt und Asche. Mittlerweile hat Umbrella jedoch eingesehen, das man dafür sorgen muss das sich die Menschen wieder zurückverwandeln, weshalb sie fieberhaft an einem Gegenmittel forschen.
Alice befindet sich mittlerweile auf der Flucht vor Umbrella, da sie die einzige ist, die die Bösewichte stoppen kann, weshalb man sie sucht und töten will. Dabei wandert sie durch das mittlerweile zur Wüste verkommene Amerika. Bei Umbrella entschließt man sich derweil, das Gegenmittel zu testen und tatsächlich hat es bei einem Versuchs Zombie funktioniert und er hat sich wieder zurück in einen Menschen verwandelt. Allerdings hielt die Wirkung des Mittels nur sehr kurze Zeit an, sodass die Wissenschaftler von Umbrella wieder am Anfang stehen.
Wenig später nach diesen Geschehnissen trifft Alice auf eine Gruppe von Überlebenden, welche durch die Wüste auf der Suche nach einem sicheren Platz irrt. Angeführt wird die aus Racoon City stammende Gruppe von Claire Redfield. Alice rettet die Menschen schließlich, als diese überraschend von Zombies attackiert werden, wofür man der schlagfertigen Frau sehr dankbar ist. Daher schließt sie sich der Gruppierung an und reist mit ihnen weiter. Tatsächlich hat man ein Log-Buch gefunden in welchem es heißt, das es in Alaska sicher sei und der T-Virus dort nicht gewütet hätte. Man entschließt sich gemeinsam nach Alaska zu reisen, schließlich hat man nichts mehr zu verlieren. Zuvor jedoch müssen noch die Vorräte, die langsam schwinden, aufgestockt werden, weshalb man sich nach Las Vegas aufmacht. Dort kommt es zu einem weiteren Zombie Angriff, allerdings wurde dieser von Umbrella eingefädelt um Alice wieder zurück zu bekommen. Da die Gruppe um Alice nun herausgefunden hat, wo Umbrella ihr derzeitiges Versteck hat, macht man sich schließlich daran dieses erst aufzusuchen und Umbrella endgültig zu vernichten. Es kommt schließlich zum Kampf zwischen Alice und Dr. Isaacs, einem mittlerweile mutierten Wissenschaftler von Umbrella. Alice gelingt es nur mit Glück den Kampf für sich zu entscheiden und überlebt, in dem sie mit List ein Computerprogramm aktiviert, welches Isaacs mittels Laser-Schranken zerstückelt. Alice hat nun endgültig die Schnauze voll und kündigt Umbrella an, das sie die Organisation nun endgültig zerstören wolle und dafür die Klone nutzen würde, welche Umbrella von ihr angefertigt hat. Auch hat Alice mittlerweile herausgefunden, das man aus ihrer sehr starken DNA wohl ein Gegengift für das T-Virus anfertigen kann, womit es wieder eine neue Hoffnung für die Menschheit gibt.
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