Jaques Saunière, Museumsdirektor des Louvre in Paris, eilt zu einem Caravaggio, ein sehr kostbares, altes Kunstwerk und klammert sich an dessen schweren Goldrahmen fest und hängt sich mit dem ganzen Gewicht daran, bis sich das Gemälde aus seiner Aufhängung fällt. Die Leinwand des Gemäldes beult sich aus und fällt herab. im Louvre in Paris greift Silas, ein hünenhafter Mönch und ein Albino, den Direktor des Louvre, Jacques Saunière an, als diese. Kurz darauf wird er von einer Kugel im Bauch erschossen. Der Schütze ist der Mönch Silas, ein hünenhafter Albino. Es ist 22:46 Uhr.
Der tödlich Verletzte Saunière ist neben drei weiteren Eingeweihten der einzige, der das bedeutende Geheimnis kennt. Die Aufdeckung dieses Geheimnisses, würde die Welt erschüttern. Saunière befürchtet, dass die 3 Eingeweihten bereits ermordet wurden und will natürlich mit aller Kraft verhindern, dass das Geheimnis mit seinem Tod für immer verloren geht. Er mobilisiert seine letzten Kräfte um eine Botschaft aus verschlüsselten Zeichen zu hinterlassen.
Kurze Zeit später im Hotel Ritz wird Professor Robert Langdon von Jérome Collet geweckt. Collet ist ein Leutnant der Direction Centrale Police Judicaire, was dem französischen Pendant zum FBI entspricht. Robert Langdon ist Professor und Wissenschaftler in Havard und gilt als Experte für die religiöse Symbologie. An diesem Abend hielt er einen Diavortrag über heidnisches Symbolut in den Steinmetzarbeiten der Kathedrale von Chartres in der Amerikanischen Universität in Paris. Nach dieser Veranstaltung wollte er sich eigentlich mit dem Museumsdirektors des Louvre treffen, so hat die Polizei es dem Terminkalender Saunières entnommen. Dieses Treffen hat aber nie stattgefunden. Robert erklärt der Polizei, dass Saunière zu diesem Treffen leider nie erschienen ist.
Leutnant Collet zeigt Robert ein Polaroid Foto, dass etwa eine Stunde zuvor im Louvre aufgenommen wurde und Saunière kurz vor seinem Tod zeigt. Er hat sich komplett ausgezogen und sich in einem mit seinem eigenen Blut auf den Fußboden gemalten Kreis gelegt. Dabei hat er seine Arme und Beine ausgestreckt, ähnlich der berühmten Zeichnung "Vitruvischer Mann" von Leonardo da Vinci. Robert traut seinen Augen kaum. Er fragt sich, was Saunière damit ausdrücken wollte. Sofort zieht Robert sich an und folgt Collet zu seinem Wagen, mit dem sie direkt zum Louvre fahren. Capitaine Bezu Fache erwartet ihn dort schon.
Zu dieser Zeit ahnt Robert noch nicht, dass Fache nicht nur seinen fachlichen Rat wünscht, sondern ihn auch für den Mörder hält. Von Sophie Neveu, der Enkelin Saunières, erfährt Robert, dass Fach ihn festnehmen möchte. Fache verdächtigt Robert, weil Saunière einen Schriftzug hinterlassen hat: "PS: Robert Langdon suchen!". Fache meint allein durch den Fund dieses Schriftzugs schon den Mörder gefunden zu haben. Sophie hingegen sieht in diesem Text keineswegs den Hinweis auf den Mörder ihres Großvaters, sondern weiss sofort, dass diese Nachricht für die bestimmt war. Ihr Großvater nannte sie immer "Prinzessin Sophie" = PS. Sie glaubt zu wissen, dass Saunière ihr mit der Nachricht rät, den amerikanischen Symbolologen Robert Langdon zu suchen, damit dieser sie unterstützen kann. Saunière, der der so genannten Prieuré de Sion angehörte, hütete anscheinend ein Geheimnis und wollte es vor seinem Tod in verschlüsselter Form an Sophie weitergeben.Sophie und Robert täuschen ihre Flucht aus dem Louvre vor, so dass sich die Polizei vom Museum entfernt. Nun können sie nach Hinweisen suchen, die auf Saunières Geheimnis hinweisen und finden heraus, dass es offensichtlich im einen versteckten Gral geht.
Robert und Sophie finden einen Hinweis auf ein Bankschliessfach und eilen dorthin. Hier finden sie ein zylindrisches Gefäß, das einen Papyrus mit einem weiteren Wegweiser enthält. Das Gefäss ist mit einer Art Zahlenschloss verschlossen. Dieses besteht aus fünf Ringen mit je 26 Buchstaben. Nur wer das richtige Lösungswort einstellt, kann den Zylinder öffnen. Stellt man das falsche Lösungswort ein, so wird das im Zylinder enthaltene Papyrus durch eine Säure zerstört.
André Vernet ist der Bankdirektor und hat seit zwanzig Jahren darauf gewartet hat, dass jemand das geheimnisvolle Schließfach Saunières öffnet. Er rettet Sophie und Robert zwar vor der Polizei, die ihnen schon wieder auf den Fersen ist, aber nur, um ihnen den Zylinder zu stehlen, was ihm aber nicht gelingt.Mit jedem gelösten Rätsel, kommen neue Fragen auf, die Sophie und Robert lösen müssen. Eine richtige Schnitzeljagt. Als die beiden Rat suchen, sucht Robert seinen Bekannten den englischen Gralsforscher Sir Leigh Teabing im Château Villette auf. Dieser erklärt ihnen, dass Leonardo da Vinci auf seinem 1495 bis 1498 entstandenen Wandgemälde "Abendmahl" unter den Jüngern eine Frau versteckt hat: Nicht Johannes, sondern Maria Magdalena sitzt neben Jesus an der Tafel. Die beiden Figuren sind spiegelbildlich dargestellt, und der Zwischenraum zwischen ihnen bildet ein großes V, das Zeichen des Kelches bzw. Grals und des weiblichen Schoßes.Fache lässt das Château Villette umstellen. Währenddessen gelingt es Silas in das Schloss einzudringen und sich auf Robert zu stürzen. Sir Leigh gelingt es Silas nieder zuschlagen. In diesem Chaos gelingt es Remy Jean, dem Butler Sir Leighs, den Zylinder an sich zu nehmen. Robert, Sophie und Sir Leighs können mit dem gefesselten Mönch Silas in Sir Leighs Privatmaschine nach London fliehen. Aber Fache ist ihnen an den Fersen.
In England angekommen, Sophie und Robert eine von einem Papst (a pope) angelegte Grabstätte. Irgendwann begreifen, dass mit "A Pope" der Dichter Alexander Pope gemeint ist. Weiter und weiter decken sie die geheimnisse Saunières auf. Er wollte sie nicht mit seinem Mörder teilen, aber auch nicht mit ins Grab nehmen.
Das geheime Wissen der Prieuré de Sion wird seit zweitausend Jahren bewahrt und von Generation zu Generation weitergegeben. Es geht hier um das von der Kirche geleugnete Geheimnis, dass Jesus Christus und Maria Magdalena verheiratet waren. Frauen sollten die Kirche führen, nicht Petrus und die Päpste.
Die Societas sacerdotalis Sanctae Crucis et Opus Die ist ein Organ der römisch-katholischen Kirche. Diese versucht mit aller Kraft die Aufdeckung dieses Geheimnisses über das Verhältnis von Jesus und Maria Magdalena unter allen Umständen zu verhindern. Bischof Manuel Aringarosa erzählt Fache, dass Robert ihm den Mord an Saunière gebeichtet hat. Damit hetzt er Fache auf Robert, der glaubt, den Mörder gefunden zu haben. Silas, der ebenfalls zum Opus Dei gehört, hat von einem Unbekannten, der sich „der Lehrer“ nennt, den Auftrag bekommen, den Gral zu finden.Der "Lehrer", der Silas beauftragt hat, nach dem Gral zu suchen, ist der uns bereits bekannten Sir Leigh Teabing. Er versucht Sophie und Robert zu zwingen, den Zylinder vor seinen Augen zu öffnen, in dem er ihnen mit einer Waffe droht. Robert nimmt den Zylinder und dreht im den Rücken zu. Er tut so, als würde er sich sehr konzentrieren. Dann wird er plötzliche das Gefäß in die Luft. Sir Leigh schreit vor entsetzen und versucht, den Zylinder zu fangen, damit dieser nicht auf den Boden fällt und das in dem Zylinder befindliche Papyrus nicht durch die Säure zerstört wird. In diesem Moment taucht Fache auf, der inzwischen die Lüge von Angingarosa durchschaut hat und Sir Leigh verhaftet. Er wird abgeführt und versteht plötzlich, dass Robert den Papyrus aus dem Zylinder entfernt hat, bevor er ihn die Luft geschmissen hat.Silas kann sich zwar befreien, wird aber ebenfalls von der Polizei gefunden. Er schiesst auf die Polizisten und verletzt einige. Auch schiesst er den Bischof Aringarosa. Dann stirbt er im Kugelhagel.
Die Schnitzeljagd führt Sophie und Robert schließlich in die Rosslyn-Kapelle in Schottland. Hier stoßen sie auf auf die Ordensarchive der Prieuré de Sion und auf die Nachfahren der Mitglieder der Bruderschaft. Diese sind im Jahre 1307 aus Frankreich nach Schottland geflohen. Unter ihnen war auch Sophies Großmutter. Sophies Eltern und ihr Bruder sind bei einem Autounfall ums Leben gekommen. Sie vermuten, dass dieser möglicherweise ein von der Kirche geplanter Mordanschlag war. Saunière war ein Großmeister der Prieuré de Sion. Er nahm Sophie damals bei sich auf und gab sie als seine Enkeltochter aus. Tatsächlich aber ist Sophie die letzte noch lebende Nachfahrin von Jesus Christus und Maria Magdalena.Sophie bleibt in Schottland bei ihrer Familie. Robert kehrt nach Paris zurück. Als er sich im Hotel Ritz rasiert, schneidet er sich und es läuft Blut in das Waschbecken. Das Blut bildet im Waschbecken ein Symbol. Plötzlich ahnt Robert, wo er den Gral, das Grab von Maria Magdalena finden kann. Sofort läuft er zum Louvre und schaut von aussen auf die Scheuben an der Steller, an der die Spitze der hängenden Glaspyramide die Spitze einer kleinen Kalksteinpyramide berührt, wo also das weibliche V und das umgekehrte männliche Dreieck wie im Davidstern verschmelzen. Diese Stelle markiert das Grab von Maria Magdalena. Robert fällt auf die Knie, er hat das Geheimnis gelüftet.
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