The crew soon focuses on first asking thought-provoking questions about the sphere (namely whether it should be opened or not) and then on attempting to actually open the sphere and learn about its nature, contents, and origin. Harry eventually succeeds in opening it and goes inside. Upon returning, he has a terrible headache and he remembers little about what happened inside the sphere and how he opened it. The rest of the team cannot figure it out either.
Eine Gruppe Wissenschaftler, darunter der Psychologe Norman Johnson, der Mathematiker Harry Adams, dei Biologin Beth Halpern und Ted Fielding, der sich mit Astrophysik beschäftigt, werden zusammen mit einer Navy-Truppe werden in eine Tiefeseestadt geschickt, wo sie am Grund des Ozeans ein Raumschiff untersuchen sollen. Doch tatsächlich stammt das Schiff nicht von Aliens, sondern ist amerikanischer Herkunft. Offenbar wurde es auch durch die Zeit geschickt und ist nun 350 Jahre vor seiner Produktion erschienen. Außerdem findet das Team einespherische Kugel, die eindeutig von Aliens stammt. Ein aufkommender Sturm zwingt die Gruppe für längere Zeit unter Wasser zu verharren. Alle überlegen, ob sie in die Sphere eindringen sollen und welche Folgen es haben könnte. Harry dringt schließlich in die Sphere ein. Als er zurück kommt, hat er Kopfschmerzen und kann sich an kaum etwas erinnern, was in der Sphere vor sich ging. Er weiß auch nicht genau, wie er die Kugel öffnen konnte. Während sie weiter forschen, werden sie von einer extraterrestsichen Intelligenz kontaktiert, die offenbar friedlich gesinnt ist. Sie nennt sich Jerry und stammt offenbar aus der Sphere. Es spricht durch einen Code von Nummern, den Harry entziffern kann. Bald schon werden sie aber von riesigen Tintenfischen, Seeschlangen und Quallen angegriffen, die ganz offensichtlich von Jerry gelenkt werden. Besatzungsmitglieder sterben und Jerry findet an dem Konzept des Todes allmählich gefallen. Schließlich bleiben nur noch Harry, Norman und Beth übrig. Norman versucht es mit Psychologie, um Jerry unter Kontrolle zu halten. Doch dabei wird Norman klar,dass Jerry gar nicht wirklich existiert. Durch seinen Aufenthalt in der Sphere besitzt Norman die Gabe, unterbewusste Gedanken in die Realität umzusetzen. So stammt der Krakenangriff etwa aus seiner Angst vor dem Buch "20 000 Meilen unter dem Meer". Damit sind Normans Gedanken eine Bedrohung für die anderen. Norman lässt sich betäuben, damit er ihnen nicht mehr schaden kann, doch die Manifestationen hören nicht auf. Auf einem Video sieht Norman, dass Beth selbst in die Sphere eindrang und nun dieselben Kräfte hat und so die anderen Dinge per Gedanken erschuf. Außerdem fängt sie an, überall Dynamit zu erschaffen, offenbar um sich und die andern zu töten. Norman und Harry können sie überwältigen und flüchten mit ihr in eine Rettungskapsel. Norman und Beth beschließen, ihre Kräfte aufzugeben und so zu tun, als wäre nie etwas passiert. Am Ende steht fest, dass Norman und Harry wieder ganz normal sind, doch es lässt sich vermuten, dass Beth ihre Kräfte nicht ganz aufgegeben hat.
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