Einige Jahre nach den Ereignissen von Episode 1. Die Galaxie ist in Aufruhr, denn irgendetwas scheint vorzugehen, doch keiner weiß so recht was. Die Senatorin Naboos Padmé Amidala wird bei ihrer Landung auf Coruscant, wo sie beim Galaktischen Rat über die Aufstellung einer Armee der Republik abstimmen sollte, angegriffen überlebt jedoch. Allerdings wurde ihre Doppelgängerin beim Anschlag getötet. Man hat nun Angst um Amidala, weshalb der Rat der Jedi entscheidet ihr zwei alte Bekannte an die Seite zu stellen, die sie fortan schützen sollen und herausfinden sollen, wer hinter den feigen Anschlag steckt: es sind Obi-Wan Kenobi und sein mittlerweile gereifter Schüler Anakin Skywalker. Letzterer ist bei dem ersten Aufeinandertreffen mit Amidala seit vielen Jahren ganz aufgeregt, hegt er doch schon lange eine geheime Liebe für seine Freundin. Und auch Padmé freut sich sehr über das Wiedersehen. Doch die Freude wird schon bald von einem erneuten Anschlag auf Padmés Leben überschattet. Doch diesmal sind Obi-Wan und Anakin ganz in der Nähe und folgen den Attentäter quer durch die Metropole von Coruscant und tatsächlich gelingt es den beiden Jedi die Attentäterin zu fangen, doch als man sie gerade zu den Hintermännern der Anschläge befragen will, wird sie aus dem Hinterhalt getötet. Man entschließt sich schließlich Amidala zurück nach Naboo zu schicken, wo man sie in Sicherheit wiegt. Anakin soll sie begleitet während Obi-Wan weitere Nachforschungen sntellen will.
Auf Naboo angekommen, kommen sich Anakin und Amidala langsam immer näher, obwohl beide wissen das es für einen Jedi verboten ist zu lieben. Doch das kann beide nicht davon abhalten schließlich miteinander zu schlafen. Doch neben der Liebe zu Amidala spürt Anakin noch weitere starke Gefühle, nämlich für seine Mutter, die er vor Jahren auf seinem Heimat Planeten Tattooine zurücklassen musste und die wohl noch immer als Sklavin dort gehalten wird. Anakin entschließt sich seine Mutter endlich zu befreien. Amidala kommt mit ihn, beide sind mittlerweile ineinander verliebt. Auf Tattooine angekommen, suchen die beiden erst Watto, den ehemaligen Sklavenhalter von Anakin und seiner Mutter auf, doch dieser hat sie schon lange an einen Bauern auf dem Lande verkauft. Als er bei diesen ankommt, erfährt er das er Anakains Mutter nur gekauft hat, weil er sich selber in sie verliebt hat und sie mittlerweile verheiratet sind. Doch Anakin muss auch erfahren das seine Mutter erst kürzlich von Sandräubern entführt wurde. Anakin macht sich Wut entbrannt auf und findet seine Mutter tatsächlich bei ihren Entführern, allerdings steht sie kurz davor zu sterben. Und so kommt es auch. In seiner Wut tötet Anakin alle Sandmänner und kehrt mit seineer toten Mutter zu ihren Mann zurück.
Währenddessen hat Obi-Wan einiges herausgefunden, so hat er auf Kamino etwa herausgefunden das offenbar im Auftrag der Republik eine Klonarmee aufgestellt wurde. Auch trifft der Jedi dort auf Jango Fett, den er schon bald als den Attentäter von Amidalas Attentaten entlarvt. Doch kann der Kopfgeldjäger noch rechtzeitig mit seinem Sohn Boba fliehen. Obi-Wan folgt den beiden schließlich nach Geonosis, wo er einer ganzen Verschwörung auf die Spur kommt. Allerdings wird er schon bald gefangen genommen. Nur Anakin spürt schließlich, das sein Meister in Gefahr ist und folgt ihm instinktiv mit Amidala nach Geonosis. Doch auch Anakin und seine Freundin werden gefangen genommen. Der Rat der Jedi entsendet schließlich einen Rettungstrupp. Gerade noch rechtzeitig trifft der Rettungstrupp ein, doch es entbrennt ein gewaltiger Kampf zwischen den Jedi und einer Droiden Armee. Man muss schließlich fliehen. Auch kommt es zum Kampf zwischen Obi-Wan, Anakin und dem Sith Lord Darth Tyranus, der hinter der Verschwörung zu stecken scheint. Nur durch das Eingreifen von Yoda kann den beiden Jedi das Leben gerettet werden, denn Darth Tyranus ist ihnen klar überlegen.
Mittlerweile ist man sich klar das die Sith ihre Rückkehr vorbereiten und sehr mächtig geworden ist. Auf Naboo zurück heiraten Anakin und Amidala heimlich. In der Galaxis beginn derweil der sogenannte Klonkrieg, der das Leben aller verändern soll.
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