Fiver ist ein schmächtiges Wildkaninchen. Zusammen mit seinem großen Bruder Hazel lebt er in einem Gehege mit anderen Kaninchen. Eines Tages hat er eine apokalyptische Vision von der Zerstörung ihrer Heimat, bei der alle sterben. Fiver und Hazel reden mit dem Oberkaninchen, damit er die anderen zum umziehen bringt. Doch das Oberkaninchen schenkt ihnen keinen Glauben.
So machen sich Fiver und Hazel alleine davon. Ihnen schließen sich die Kaninchen Buckthorn, Pipkin, Blackberry, Hawkbit, Acorn, Speedwell und Dandelion an. Ein Owsla-Kaninchen (Owsla ist eine Art militärische Organisation im Gehege) will sie aufhalten, doch Bigwig, der ebenfalls zu Owsla gehört, hilft ihnen und geht mit.
Weit ab vom Gehege erwarten sie zahlreiche Gefahren. Ein Hund streunt im Wald umher und sie können gerade noch mit einem Brett über den Fluss entkommen. Sie gelangen zu einem prachtvollen Gehege mit gut ernährten Kaninchen. Eines davon, Cowslip, heißt sie willkommen. Es gibt Futter im Überfluss. Den meisten gefällt es, doch Fiver wittert Gefahr und will gehen. Es kommt zum Streit. Bigwig gerät in eine Drahtfalle und stirbt beinahe. Allen ist nun klar, dass das Gehege von Menschen angelegt ist und nur Verderben bringen wird. Fiver führt sie zu dem Hügel Watership Down. Sie legen einen neuen Bau an und genießen ihre neue Heimat. Holly, ein ehemaliges Owsla-Kaninchen des alten Geheges, taucht auf. Er ist schwer verletzt und erzählt von den grauenvollen Ereignissen ihrer alten Heimat. Alles wurde komplett von Menschen zerstört. Fiver hat Recht behalten.
Die Kaninchen finden eine verletzte Möwe namens Kehaar. Sie pflegen sie gesund, damit er sich für sie auf die Suche nach anderen Kaninchen macht, da sie keine Weibchen unter sich haben und es so keine Nachfahren geben wird. Kehaar entdeckt ein Gehege namens Efrafa. Holly und ein paar andere sollen dort nach Weibchen suchen, die nach Watership Down kommen wollen. Hazel wird derweil übermütig und will zahme Kaninchen von einem Bauernhof befreien, wobei er angeschossen wird. Er überlebt zum Glück. Holly und die anderen kehren zurück. Sie berichten, dass in Efrafa diktatorische Lebensbedingungen herrschen. Ein gigantisches Kaninchen namens General Woundwort leitet das Gehege mit harter Pfote. Hazel und die anderen beschließen einige Weibchen dort zu befreien.
Bigwig kommt als Spion nach Efrafa. Er trifft das mutige Weibchen Hyzenthlay. Er schmiedet mit ihr einen Plan. In einem geeigneten Moment greift Bigwig die Wachen an und die Weibchen fliehen mit ihm. Kehaar schützt sie unterwegs vor Woundwort und sie gelangen auf einem treibenden Boot zurück nach Watership Down.
Eine Weile lang leben sie glücklich, bis Woundwort und sein Gefolge angreifen. Alle Kaninchen schaffen einen Schutzwall in ihrem Bau. Hazel und andere schnelle Läufer machen sich auf zum Bauernhof, um den Hund dort herzulocken. Bigwig kämpft derweil mit Woundwort. Der Hund wird nach Watership Down gelotst und fällt über die Efrafas her. Woundwort ruft, dass ein Hund nicht gefährlich sei und springt dem Tier entgegen. Ober er getötet wird bleibt ungeklärt.
Hazel wurde von einer Katze auf dem Hof verletzt. Die Menschen dort verarzten ihn aber und bringen ihn zurück zum Hügel. Die Kaninchen können endlich in Frieden auf Watership Down leben.
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