Wir befinden uns im Jahre 1985, allerdings ist die Vergangenheit anders verlaufen, wie in unserer Realität. So wurde JFK etwa von einem Watchmen erschossen, und war auch ein Watchmen verantwortlich dafür, das die USA ihren Krieg in Vietnam doch noch gewonnen haben. Doch was sind die Watchmen? Die Bezeichnung Superhelden würde es wohl am ehesten treffen, doch nicht jeder Watchmen setzt sich auch wirklich nur für das gute ein. Auch sind die Watchmen nicht die strahlenden Helden, wie etwa ein Superman oder Spider-Man.
The Comedian, mittlerweile Ende 60, ist einer der ersten Watchmen gewesen und wurde jüngst tot aufgefunden. Offensichtlich ist er aus dem Fenster seines Appartements gefallen, allerdings weiß man noch nicht so recht ob es Mord oder ein Unfall war. Rorschach, einer der wenigen Watchmen die tatsächlich noch Aktiv im Dienst sind, untersucht den Tatort auf eigene Faust und kommt zu dem Schluss das es nur ein Mord gewesen sein kann. Doch wer sollte den Comedian tot sehen wollen, zumal er schon lange nicht mehr im Dienst war. Oder hatte jemand eine alte Rechnung mit ihm offen? Auf jeden Fall untersucht Rorschach den Fall weiter und warnt vorsichtshalber auf die anderen Watchmen Nite Owl II, Ozymandias, Dr. Manhattan und Silk Spectre II, da er sich noch nicht sicher ist ob die Ermordung vom Comedian ein Einzelfall war, oder ob es jemand explizit auf die Gruppe abgesehen hat. Tatsächlich findet Rorschach schon bald eine Verbindung zu Moloch, dem ehemaligen Rivalen des Comedian, welcher Moloch kurz vor seinem Tod noch aufgesucht hat und ihm im offensichtlich betrunkenen und verwirrten Zustand eine wirre Geschichte erzählt hat.
Derweil kriselt es in der Beziehung von Silk Spectre II und Dr. Manhattan. Tatsächlich verlässt die Frau ihren auf die Arbeit fixierten Freund und flieht in die Arme von Nite Owl II. Derweil kommt es zu einem erneuten Attentat auf einen Watchmen, diesmal auf Ozymandias. Dieser stirbt kurz darauf an einer Vergiftung. Rorschach findet schließlich einen Zusammenhang zu einem Edgar Jacobi, als er diesen jedoch aufsucht tappt Rorschach in eine Falle und kommt wenig später ins Gefängnis, wo man nicht nur seine Identität enthüllt, sondern ihn auch den Verbrechern aussetzt, welche dieser erst in den Knast gebracht hat. Nite Owl II und Silk Spectre II entschließen sich schließlich den Inhaftierten Watchmen zu befreien und fliehen mit diesem in ein Versteck. Daraufhin erfährt Silk Spectre II auch noch, das der Comedian ihr Vater war. Derweil steht die Erde kurz davor, einen nuklearen Krieg zu erleben, doch Silk Spectre II bittet Dr. Manhattan erfolgreich diesen abzuwenden.
Rorschach und Nite Owl II finden schließlich heraus, das eine Firma hinter den Attentaten steckt. Man findet deren Hauptsitz schließlich in der Antarktis, zu welcher sich auch bereits Dr. Manhattan aufgemacht hat, schließlich hat er Silk Spectre II versprochen, den nuklearen Krieg abzuwenden. Tatsächlich enthüllt sich erst jetzt der gesamte Plan, denn sowohl die USA als auch Russland sollen zu einem Friedensabkommen gezwungen werden in denen beiden weiß gemacht wird, das Dr. Manhattan die Erde zerstören will. Rorschach will mit dieser Lüge jedoch nicht leben und macht sich auf und davon um der Welt die Wahrheit zu sagen, allerdings tötet Manhattan ihn kurz darauf und flieht von der Erde. Silk Spectre II und Nite Owl II aber gehen eine Beziehung ein.
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